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一、形态特征不同
1、小麦果皮与种皮愈合。果皮表皮细胞一列，壁较厚，平周壁尤甚；果皮中层细胞数列，壁较厚；横细胞一列，与果皮表皮及中层细胞垂直交错排列，有纹孔；有时在横细胞层下可见管细胞。种皮棕**，细胞颓废皱缩，内为珠心残余，细胞类方形，隐约可见层状纹理。内胚乳最外层为糊粉层，其余为富含淀粉粒的薄壁细胞。
2、水稻两侧孕性花外稃质厚，具5脉，中脉成脊，表面有方格状小乳状突起，厚纸质，遍布细毛端毛较密，有芒或无芒；内稃与外稃同质，具3脉，先端尖而无喙；雄蕊6枚，花药长2-3毫米。颖果长约5毫米，宽约2毫米，厚约1-1.5毫米；胚比小，约为颖果长的1/4。染色体2n=24（Shu et Qu 1985, Yao Z.1984），x=12（Mukhergee et Debnath 1985）。
二、生长环境不同
1、小麦的土层深厚，结构良好耕层较深，有利于蓄水保肥，促进根系发育。土壤结构是指固体(有机体和无机体)、液体、气体的组成比例，它与土壤水分、空气，温度、养分有着密切关系，如沙土、重粘土结构不良，难以形成高产。
冬型品种适期的日平均温度为16～18℃，半冬型为14～16℃，春性为12～14℃。温空的高低受地理纬度和海拔的影响，即纬度和海拔愈高，气温愈低，播种期可早些。
2、水稻喜高温、多湿、短日照，对土壤要求不严，但是水稻土最好。幼苗发芽最低温度10～12℃，最适28～32℃。分蘖期日均20℃以上,穗分化适温30℃左右；低温使枝梗和颖花分化延长。抽穗适温25～35℃。开花最适温30℃左右，低于20℃或高于40℃，授粉受严重影响。
三、分布范围不同
1、小麦分布于中国华北地区、华东地区、华中地区、西北地区、东北地区、西南地区、北方地区。
2、水稻分布于中国华南双季稻稻作区、华中双季稻稻作区 东起东海之滨、西南高原单双季稻稻作区、华北单季稻稻作区。
百度百科-小麦 （小麦属植物的统称）
百度百科-水稻
硬粒小麦分布于地中海各国，小亚细亚，高加索，伏尔加地区，乌克兰，塔吉斯坦，美国，加拿大等地。在我国分布于内蒙古、甘肃、新疆、云南等省、自治区。主要为春性，也有冬性类型。硬粒小麦在生态上十分多样化。前苏联一些学者（N.I.Vavilov，M.M.Jakubziner等）曾将硬粒小麦地方品种划为若干亚种：①普通亚种，植株繁茂，穗大，穗下茎实心。分布最广，种植于地中海沿岸、小亚细亚、欧洲及北美。②高加索亚种，穗紧密，有退化的短芒，颖和籽粒为圆形。③镰刀状亚种，植株高大，穗长，粒大而成镰刀形，分布在小亚细亚、突尼斯、埃及、阿塞拜疆等地。④金字塔亚种，穗短，小穗排列很密，呈金字塔形，分布在埃及。⑤中国亚种，实际上是无芒类型，性状与普通亚种相近，但具有一些圆锥小麦的性状。现在选育的半矮秆品种是全新的硬粒小麦类型。硬粒小麦是生产上使用的第二个小麦种，适干旱地区种植。硬粒小麦是制通心粉的原料，多年来常用于改良普通小麦。有些材料抗条锈病、叶锈病或散黑穗病。
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